Akcja serialu "Pingwiny z Madagaskaru" rozgrywa się po wydarzeniach z filmu "Madagaskar 2". Alex, Gloria, Melman i Marty zostają w Afryce, podczas gdy pingwiny wraz z królem Julianem i jego paczką wyruszają na podbój zoo w Central Parku. Tam poznają nowych przyjaciół, z którymi przeżyją mnóstwo zwariowanych przygód.